Începând cu anul 1989, procesul de restructurare şi de transformare din societatea moldovenească devenise inevitabil. Sistemul electoral din Republica Moldova începe să cunoască reforme de profunzime, menirea cărora era de a pune bazele statului de drept.
Drept urmare, prin Hotărârea Sovietului Suprem al R.S.S. Moldoveneşti nr. 3625-XI din 24 noiembrie 1989, a fost creată Comisia Electorală Centrală pentru alegerea deputaţilor poporului. Comisia era formată din 21 de membri, cu un mandat de 5 ani, numiţi la propunerea sovietelor raionale şi orăşeneşti de deputaţi ai poporului, precum şi a organelor republicane ale organizaţiilor obşteşti. Preşedintele acestei comisii a fost ales Vladimir CHICTENCO, care a activat în perioada 1989 –1993.
Comisia Electorală Centrală, creată pentru alegerile anticipate din 1994, avea în componenţa sa 7 judecători ai Judecătoriei Supreme şi 17 reprezentanţi ai partidelor, organizaţiilor social-politice şi blocurilor electorale participante în alegeri. Preşedinte al Comisiei a devenit Nicolae TIMOFTI, fiind ales, prin vot secret, din rândul judecătorilor desemnaţi, iar conform normelor stabilite atunci, în termen de 3 zile de la constituire, Comisia îşi alegea dintre membrii săi vicepreşedintele şi secretarul.
Pentru organizarea şi desfăşurarea alegerilor din 16 aprilie 1995, a fost constituită o Comisie Electorală Centrală, compusă din 7 judecători ai Judecătoriei Supreme şi 4 reprezentanţi ai Procuraturii Republicii Moldova. Preşedinte al Comisiei a fost ales Vasile PASCARI, desemnat de Judecătoria Supremă.
Prin Hotărârea Parlamentului nr. 924-XII din 12 iulie 1996, a fost confirmată o nouă componenţă nominală a Comisiei Electorale Centrale, preşedinte al căreia a fost ales Petru RAILEAN, desemnat de Plenul Curţii Supreme de Justiţie.
Atribuţiile Comisiei Electorale Centrale expirau odată cu depunerea jurământului de către candidatul ales în funcţia de Preşedinte al Republicii Moldova. În caz de necesitate, termenul atribuţiilor Comisiei Electorale Centrale putea fi prelungit prin hotărâre a Parlamentului. Conform articolului 9 al legii sus-numite, Comisia Electorală Centrală se constituia de către Parlament cel târziu cu 90 de zile înainte de ziua alegerilor în următoarea componenţă: 3 judecători ai Curţii Supreme de Justiţie; 3 procurori ai Procuraturii Generale; 3 reprezentanţi ai Consiliului Superior al Magistraturii; câte un reprezentant cu drept de vot consultativ din partea fiecărui candidat, înregistrat la funcţia de Preşedinte al Republicii Moldova. Comisia Electorală Centrală era asistată de un aparat, al cărui personal numeric se confirma de Guvern.
Codul electoral, adoptat la 21 noiembrie 1997, a reunit toate actele legislative referitoare la alegerile prezidenţiale, parlamentare şi locale, fiind unificate procedurile electorale. În baza Codului electoral, a fost înfiinţată Comisia Electorală Centrală ca organ de stat cu statut permanent, pentru organizarea şi desfăşurarea alegerilor. Instituirea Comisiei a fost dictată de necesitatea unei structuri competente şi specializate în domeniul alegerilor.
Din momentul adoptării, Codul electoral a suportat numeroase modificări în scopul racordării acestuia la normele internaţionale din domeniul electoral, precum şi perfecţionării procedurilor electorale, dar și în funcție de conjunctură și interesele majorităților parlamentare care își impuneau voința.
Activitatea permanentă a Comisiei a permis creşterea calităţii şi eficienţei de gestionare a procesului electoral. Comisia este constituită din 9 membri cu drept de vot deliberativ, mandatul ei fiind iniţial, în prima versiune a codului, de 6 ani, ulterior durata acestuia a fost redusă până la 5 ani (Legea nr. 176/2005).
Componenţa nominală a Comisiei Electorale Centrale permanente a fost confirmată prin Hotărârea Parlamentului nr. 1405 din 16 decembrie 1997. Imediat după aceasta, noua componenţă a elaborat Regulamentul CEC, în baza căruia îşi desfăşoară activitatea, precum şi alte regulamente, instrucţiuni, modele de documente electorale în vederea bunei organizări şi desfăşurări a alegerilor. Primul preşedinte al Comisiei a fost Dumitru NIDELCU, care a ocupat această funcţie timp de 6 ani.
După ce mandatul de 6 ani al primei Comisii permanente a expirat, prin Hotărârea nr. 516 din 18 decembrie 2003, Parlamentul a confirmat o nouă componenţă nominală a Comisiei Electorale Centrale. Prin aceeaşi hotărâre, în calitate de preşedinte a fost confirmat Eugeniu CLIM, desemnat de Preşedintele Republicii Moldova. Ulterior, în legătură cu demisia acestuia, hotărârea a fost modificată, ca preşedinte fiind confirmat Petru RAILEAN, la fel, desemnat de Preşedintele Republicii Moldova.
Mandatul Comisiei Electorale Centrale confirmate în 2003 era de 5 ani, dar a încetat odată cu adoptarea Hotărârii Parlamentului nr. 290-XVI din 11 noiembrie 2005, prin care a fost confirmată o altă componenţă, stabilindu-se o nouă modalitate de desemnare a membrilor. Componența numerică a rămas aceeași, însă formula după care erau desemnați acei 9 membri ai Comisiei cu drept de vot deliberativ a fost una nouă: un membru era desemnat de către Preşedintele Republicii Moldova, un membru – de către Guvern şi 7 membri – de către Parlament, inclusiv 5 de către partidele de opoziţie, proporţional numărului de mandate deţinute de acestea. Membrii convocaţi în prima şedinţă l-au ales preşedinte pe Eugeniu ŞTIRBU, desemnat de Parlament (înaintat de PDM). Vicepreședinte a fost aleasă Renata LAPTI (înaintată de PPCD) și secretar a fost ales Iurie CIOCAN (înaintat de PCRM). Această comisie a activat fără modificarea componenței pe durata întregului mandat de 5 ani.
Prin Legea nr. 119 din 18 iunie 2010 pentru modificarea şi completarea Codului electoral nr. 1381-XIII din 21 noiembrie 1997, din nou a fost stabilită o altă procedură de constituire a Comisiei Electorale Centrale. Astfel, Comisia Electorală Centrală se constituie, la fel, din 9 membri, un membru se desemnează în continuare de către Preşedintele Republicii Moldova, iar ceilalţi 8 membri – de către Parlament, cu respectarea reprezentării proporţionale a majorităţii şi a opoziţiei. Mandatul Comisiei Electorale Centrale este de 5 ani.
Astfel, membrii componenței noi a Comisiei desemnați după această nouă formulă s-au convocat în ședința de alegere a președintelui, vicepreședintelui și secretarului Comisei la 15 februarie 2011. Președinte al Comisiei a fost ales Iurie CIOCAN (propus de PLDM), vicepreședinte – Ştefan URÂTU (propusă de PL) și secretar – Andrei VOLENTIR (propus de PDM). În luna octombrie a anului 2015, Ștefan URÂTU a fost revocat din funcția de vicepreședinte, însă până la expirarea mandatului Comisiei o altă persoană din rândul membrilor nu a fost aleasă în această funcție.
După ce mandatul de 5 ani a expirat, prin Hotărârea nr. 144 din 17 iunie 2016, Parlamentul a confirmat o nouă componență nominală a Comisiei Electorale Centrale, iar prin hotărârea CEC nr. 1 din 27 iunie 2016, în funcția de președinte al Comisiei a fost aleasă Alina RUSSU (înaintată de PCRM), în funcția de vicepreședinte – Rodica CIUBOTARU (înaintată de PL) și în funcția de secretar – Veaceslav AGRIGOROAE (înaintat de PDM).
Prin Hotărârea Parlamentului nr. 55 din 30 martie 2017, Maxim LEBEDINSCHI (înaintat de PSRM) a fost exclus din componența CEC și confirmat în funcţia de membru Vadim FILIPOV, desemnat de Parlament (înaintat de PSRM), pentru durata neexpirată a mandatului predecesorului.
Ulterior, în legătură cu cererile de demisie depuse de președinta Alina RUSSU, vicepreședinta Rodica CIUBOTARU și membrul Iurie CIOCAN (înaintat în 2016 de PLDM), prin Hotărârea nr. 82 din 16 iulie 2019, Parlamentul Republicii Moldova a confirmat în funcția de membru al Comisiei Electorale Centrale, pentru durata neexpirată a mandatelor predecesorilor, următoarele persoane desemnate de Parlament: Dorin CIMIL (înaintat de PAS, partid din cadrul Blocului ACUM), Maxim LEBEDINSCHI (înaintat de PSRM), Dumitru PAVEL (înaintat de PPDA, partid din cadrul Blocului ACUM).
Mai târziu și secretarul Veaceslav AGRIGOROAE și-a dat demisia. Astfel, în condițiile art. 17 alin. (4) din Codul electoral nr. 1381/1997, la ședința din 19 iulie 2019 preşedinte al Comisiei a fost ales Dorin CIMIL, vicepreședinte - Vladimir ȘARBAN (desemnat de Preşedintele Republicii Moldova) și secretar - Maxim LEBEDINSCHI.
Ținând cont de faptul că mandatul Comisiei urma să expire pe 16 iunie 2021, în cursul perioadei electorale a alegerilor parlamentare anticipate din 11 iulie 2021, acesta a fost prelungit pentru un termen de maximum 90 de zile, până la numirea noii componențe CEC, în conformitate cu art. 17 alin. (6) din Codul electoral.
Actuala componență nominală a Comisiei a fost confirmată prin Hotărârea Parlamentului nr. 115 din 16 septembrie 2021, cu modificările ulterioare. Inițial au fost confirmați doar 6 membri, unul desemnat de Președintele Republicii Moldova (Pavel POSTICA) și 5 desemnați de Partidul Politic „Partidul Acțiune și Solidaritate” (Angelica CARAMAN, Alexandr BERLINSCHII, Ludmila LUPAȘCO, Sergiu GURDUZA, Alexandru MUSTEAȚA). Prin hotărârea CEC nr. 1 din 17 septembrie 2021, acești 6 membrii au ales-o din rândul lor în funcția de președinte al Comisiei pe Angelica CARAMAN. Ulterior, au fost confirmați alți trei membri, desemnați de Parlament – Lilian ENCIU, Vasile POSTOLACHE, Teodora VANGHELII (propuși de fracțiunea Blocului Comuniștilor și Socialiștilor). În componență deplină au adoptat hotărârea nr. 26 din 1 octombrie 2021, prin care în funcția de vicepreședinte a fost ales Pavel POSTICA și în funcția de secretar – Alexandr BERLINSCHII.